Setelah Perang Jamal usai, Khalifah Ali bin Abi Thalib memerintahkan pasukannya untuk mengevakuasi para korban perang, baik yang meninggal dunia maupun yang terluka. Dalam peristiwa bersejarah ini, dua sahabat senior Nabi Muhammad, yakni Thalhah bin Ubaidillah dan Zubair bin Awwam, turut gugur. Selain itu, Khalifah Ali mengeluarkan instruksi tegas yang melarang pasukannya untuk mengambil harta rampasan perang dari pihak lawan. Kemenangan Ali bin Abi Thalib dalam perang yang terjadi di wilayah antara Kufah dan Basrah ini dengan cepat menyebar luas ke seluruh negeri Islam. Kabar ini di satu sisi memicu kekhawatiran di kalangan para pembunuh Utsman bin Affan yang takut akan ditindak tegas oleh kekuatan baru tersebut.
Peristiwa ini bertepatan dengan tahun 36 Hijriah atau sekitar tahun 657 Masehi. Sebagai gambaran peristiwa sejarah di belahan bumi lain, masa ini bertepatan dengan era Kerajaan Kalingga di Nusantara, tepat sebelum masa berdirinya Kerajaan Mataram Kuno di bawah pimpinan Raja Sanjaya. Pada masa itu, stabilitas pemerintahan Islam sangat ditopang oleh tiga wilayah utama, yaitu Kufah di Persia, Damaskus di Syam, dan Mesir. Setelah berhasil mengamankan wilayah Persia pasca Perang Jamal, Khalifah Ali menyadari bahwa wilayah Damaskus masih dikuasai secara kuat oleh Muawiyah. Oleh karena itu, fokus pemerintahan Ali beralih ke Mesir yang saat itu sedang berada dalam kondisi kekosongan kepemimpinan dan pergolakan politik yang rumit.
Kondisi Mesir pasca wafatnya Khalifah Utsman bin Affan sangat tidak stabil. Masyarakatnya terpecah belah menjadi berbagai faksi yang saling bersitegang. Terdapat kelompok pro-Utsman yang memusatkan kekuatannya di sebuah daerah bernama Khirbata, kelompok anti-Utsman, pendukung Ali, penentang Ali, pihak netral, hingga mereka yang diam-diam memiliki ambisi untuk berkuasa. Untuk meredam kekacauan tersebut dan mencegah wilayah itu semakin bergolak, Khalifah Ali bin Abi Thalib mengutus Qois bin Sa’ad bin Ubadah sebagai Gubernur Mesir. Qois merupakan putra dari Sa’ad bin Ubadah, seorang tokoh senior Anshar dari Madinah. Dengan membawa surat pengangkatan resmi yang dibubuhi stempel khalifah dan dikawal oleh pasukan, Qois menempuh perjalanan berminggu-minggu menuju Mesir.
Setibanya di Mesir, Qois bin Sa’ad bin Ubadah langsung naik ke mimbar masjid dan membacakan surat dari Khalifah Ali secara terbuka untuk mengumumkan statusnya sebagai gubernur yang sah. Selama berminggu-minggu berikutnya, Qois berkeliling menemui para tokoh dari berbagai faksi untuk mengajak mereka memberikan sumpah setia atau baiat kepada Khalifah Ali. Sebagian masyarakat bersedia memberikan baiatnya, namun banyak pula yang menolak, salah satunya adalah tokoh bernama Maslamah bin Mukhallad al-Anshori. Upaya Qois dalam menstabilkan Mesir ini ternyata terus dipantau oleh Muawiyah dari Damaskus. Tidak ingin Mesir jatuh sepenuhnya ke tangan Ali, Muawiyah mengambil langkah tandingan dengan mengirimkan pasukannya sendiri ke Mesir. Situasi ini pada akhirnya memicu ketegangan baru, di mana pasukan Qois harus menghadapi kelompok penolak baiat di internal Mesir sekaligus bersiap menghadapi intervensi dari pasukan utusan Muawiyah.
