Kisah ini merupakan kelanjutan dari catatan sejarah dalam Kitab Al-Bidayah wan-Nihayah karya Ibnu Katsir, yang merujuk pada dokumen lebih tua milik Ibnu Jarir At-Thobari dalam Tarikh Al-Umam wal Muluk. Sebelum perselisihan memuncak, pasukan dari kubu Khalifah Ali bin Abi Thalib dan Gubernur Muawiyah bin Abi Sufyan sebenarnya sudah berada dalam posisi saling berhadapan di wilayah Shiffin, dekat Sungai Efrat di bagian timur Syam (Suriah). Namun, peperangan tidak langsung terjadi karena terdapat masa jeda atau penundaan perang selama satu tahun penuh, yang terhitung sejak bulan Muharram hingga bulan Muharram berikutnya. Sepanjang masa jeda satu tahun tersebut, kedua belah pihak saling mengirimkan utusan resmi untuk melakukan dialog. Ketika ruang diplomasi resmi antara utusan Ali dan Muawiyah menemui jalan buntu, muncul gerakan damai independen yang digagas oleh pihak ketiga, yaitu kelompok netral dari kalangan ahli Al-Qur’an atau kaum Qura.
Kaum Qura memiliki posisi sosial yang sangat dihormati oleh kedua belah pihak, sehingga mereka mempunyai akses bebas untuk masuk dan keluar dari kemah militer kedua kubu tanpa dicurigai. Pada masa itu, jumlah para ahli Al-Qur’an yang berkumpul di sekitar medan perang Shiffin sangat besar, yakni mencapai hampir tiga puluh ribu orang yang terdiri dari gabungan kedua kubu. Mereka mendirikan tenda-tenda khusus dan memutuskan untuk menyelidiki langsung akar permasalahan dengan mendatangi Muawiyah di kemahnya yang terletak di lereng gunung. Kepada Muawiyah, perwakilan kaum Qura dari wilayah Kuffah ini menanyakan secara tegas mengenai apa sebenarnya hal utama yang dituntut dalam konflik ini dan siapa orang yang dianggap bertanggung jawab. Muawiyah memberikan jawaban langsung bahwa hal yang ia tuntut adalah keadilan atas darah Utsman bin ‘Affan, dan orang yang ia tuntut untuk bertanggung jawab secara politik adalah Ali bin Abi Thalib karena dianggap telah melindungi para pelaku pembunuhan tersebut.
Mendengar jawaban tersebut, kaum Qura segera kembali turun ke lembah untuk menemui Ali bin Abi Thalib guna mengonfirmasi tuduhan Muawiyah. Di hadapan kelompok ini, Ali dengan tegas bersumpah bahwa tuduhan tersebut adalah kebohongan. Ali menyatakan bahwa dirinya sama sekali tidak terlibat, tidak pernah memerintahkan orang lain, dan tidak pernah membuat konspirasi apa pun dalam peristiwa pembunuhan Utsman. Informasi ini kemudian dibawa kembali oleh kaum Qura ke atas bukit untuk disampaikan kepada Muawiyah. Menanggapi sumpah dari Ali, Muawiyah mengubah strategi diplomasinya; ia menyatakan menerima sumpah tersebut dan setuju bahwa Ali secara fisik tidak membunuh Utsman dengan tangannya sendiri. Namun, Muawiyah memberikan syarat mutlak yang baru, yaitu jika Ali memang berkata jujur dan tidak terlibat, maka Ali harus membuktikannya dengan menyerahkan seluruh pelaku pembunuhan Utsman yang saat itu bersembunyi di dalam barisan pasukannya agar bisa diadili oleh pihak Syam.
Kaum Qura kembali berjalan bolak-balik di antara kedua bukit untuk menyampaikan syarat mutlak dari Muawiyah kepada Ali. Ketika diminta untuk menyerahkan para pelaku, Ali tidak memberikan jawaban praktis berupa penangkapan, melainkan menjelaskan situasi sosiopolitikal yang terjadi pada akhir masa pemerintahan Utsman. Ali menjelaskan kepada para utusan bahwa pada masa itu, muncul sekelompok orang yang menyalahgunakan tafsir Al-Qur’an untuk menyebarkan fitnah dan memicu kekacauan di tengah masyarakat. Gerakan tersebut membesar hingga berujung pada pengepungan dan pembunuhan Utsman di dalam rumahnya sendiri. Ali menegaskan bahwa pada saat peristiwa itu terjadi, situasi sudah berada dalam kondisi kekacauan total (chaos) di mana hukum tidak berfungsi, sehingga dirinya tidak memiliki otoritas maupun kekuatan yang cukup untuk mencegah tindakan kelompok tersebut. Penjelasan Ali ini menggambarkan bahwa melacak dan menangkap pelaku secara spesifik di tengah situasi yang telanjur kacau adalah hal yang sangat sulit dilakukan secara hukum.
Ketika penjelasan mengenai ketidakberdayaan Ali di masa lalu ini disampaikan kembali kepada Muawiyah, pemimpin wilayah Syam tersebut langsung melontarkan kritik balik yang tajam. Muawiyah mempertanyakan legitimasi Ali sebagai pemimpin tertinggi umat Islam; ia menilai jika Ali pada saat itu tidak mampu membendung pembunuhan khalifah sebelumnya dan tidak memiliki kuasa atas kelompok pelakunya, maka Ali dianggap tidak layak untuk memegang jabatan sebagai khalifah. Muawiyah bahkan mencurigai bahwa pengangkatan Ali sebagai khalifah di Madinah sengaja dilakukan sepihak tanpa melibatkan musyawarah dengan penduduk wilayah lain seperti Damaskus, dengan tujuan terselubung untuk memberikan perlindungan politik bagi para pembunuh Utsman. Pertanyaan kritis ini kembali dibawa oleh kaum Qura kepada Ali, yang kemudian dijawab oleh Ali bahwa proses baiat dirinya sebagai Amirul Mukminin adalah sah karena didukung penuh oleh mayoritas kaum Muslim, termasuk para sahabat dari golongan Muhajirin dan Ansar di Madinah. Namun, Muawiyah kembali mematahkan argumen tersebut dengan menyatakan bahwa pendapat para sahabat yang menetap di wilayah Damaskus, seperti Bilal bin Rabah dan lainnya, sengaja diabaikan dalam proses pemilihan tersebut, sehingga mediasi yang dijembatani oleh kaum Qura ini akhirnya berhenti total tanpa hasil.
Setelah jalur komunikasi melalui kaum Qura terputus, usaha terakhir untuk mencegah peperangan dilakukan melalui surat-menyurat dan kunjungan dua sahabat senior Nabi, yaitu Abu Darda’ dan Abu Umamah. Mereka mendatangi Ali di tendanya untuk mencari solusi akhir. Namun, di tengah-tengah dialog antara Ali dan kedua sahabat senior ini, terjadi sebuah peristiwa tak terduga di dalam kemah Ali. Tiba-tiba, sekumpulan besar orang dalam jumlah yang sangat banyak keluar dari barisan pasukan Ali dan berteriak secara massal, mengakui bahwa merekalah yang telah membunuh Utsman bin ‘Affan, sekaligus menantang siapa saja yang berani untuk maju menghukum mereka. Melihat fakta bahwa para pelaku pembunuhan Utsman ternyata berada di dalam internal pasukan Ali secara terbuka dalam jumlah besar, serta tidak adanya tindakan hukum yang diambil terhadap kelompok tersebut, Abu Darda’ dan Abu Umamah mengambil keputusan penting. Mereka menyadari bahwa situasi sudah tidak mungkin lagi didamaikan melalui jalur diplomasi. Sebagai bentuk protes dan sikap netral agar tidak terlibat dalam pertumpahan darah antarsesama Muslim, kedua sahabat senior tersebut memilih untuk langsung meninggalkan medan perang Shiffin dan mengungsi ke tempat yang aman.
Kepergian mereka menandai akhir dari seluruh rangkaian mediasi, yang berarti status konflik telah memasuki kondisi buntu total (deadlock) dan perang terbuka tidak dapat dihindari lagi. Kedua belah pihak segera kembali ke kubu masing-masing untuk menata dan menyiapkan pasukan tempur mereka dalam skala penuh. Dalam persiapan menghadapi pertempuran besar ini, kedua pasukan menerapkan atribut dan ciri visual yang berbeda sebagai penanda identitas di medan laga. Pasukan yang berada di bawah komando Khalifah Ali bin Abi Thalib maju ke medan perang dengan membawa panji-panji atau bendera militer (liwa’), yang di dalam teks catatan Ibnu Katsir tidak disebutkan secara rinci warnanya. Sebaliknya, pasukan di bawah komando Muawiyah bin Abi Sufyan bersiap dengan karakteristik visual yang sangat berbeda, di mana mereka tidak membawa bendera komando, melainkan menggunakan sorban yang dikalungkan di leher mereka sebagai identitas kelompok. Penggunaan atribut sorban leher sebagai penanda pasukan perang oleh kubu Muawiyah ini dicatat secara khusus dalam sejarah, yang di era modern karakteristik visualnya kerap diadopsi kembali oleh berbagai kelompok pergerakan di kawasan Timur Tengah sebagai bentuk rujukan historis terhadap tradisi militer pasukan Syam pada masa Perang Shiffin.
